Pengendalian manajemen perlu untuk menjamin terlaksananya strategi organisasi secara efektif dan efisien. Pengendalian manajemen meliputi beberapa aktivitas, yaitu : perencanaan, koordinasi antar berbagai bagian dalam organisasi, komunikasi informasi, pengambilan keputusan, memotivasi orang-orang dalam organisasi agar berperilaku sesuai dengan tujuan organisasi, pengendalian dan penilaian kinerja.
Struktur organisasi harus sesuai dengan desain sistem pengendalian manajemen, karena sistem pengendalian manajemen berfokus pada unit-unit organisasi sebagai pertanggungjawaban.
Tipe pengendalian manajemen ada 3 kelompok, yaitu : pengendalian preventif (pengendalian yang terkait perumusan strategi dan perencanaan strategik yang dijabarkan dalam bentik program-program), pengendalian operasional(pengendalian dengan pengawasan pelaksanaan program yang ditetapkan melalui alat berupa anggaran), pengendalian kinerja (berupa analisis evaluasi kinerja berdasarkan tolok ukur kinerja yang ditetapkan).
Struktur pengendalian manajemen termanifestasi dalam bentuk struktur pusat pertanggungjawaban. Tujuan dibuatnya pusat-pusat pertanggungjawaban diantaranya sebagai basis perencanaan, pengendalian dan penilaian kinerja manajer dan unit organisasi yang dipimpinnya.
Pusat-pusat pertanggungjawaban ada 4 jenis, yaitu: pusat biaya (prestasi manajer dinilai berdasarkan biaya yang telah dikeluarkan), pusat pendapatan (prestasi manajer dinilai berdasarkan pendapat yang dihasilkan), pusat laba (prestasi manajer dinilai berdasarkan laba yang dihasilkan), pusat investasi (prestasi manajer dinilai berdasarkan laba yang dihasilkan dikaitkan dengan investasi yang ditanam).
Setiap pusat pertanggung jawaban membutuhkan data pengeluaran dan output yang dihasilkan selama masa anggaran. Pusat pertanggungjawaban dapat berfungsi sebagai jembatan untuk bottom-up budgeting atau participative budgeting.
Proses pengendalian manajemen dapat pada organisasi sektor publik dapat dilakukan dengan menggunakan saluran komunikasi formal maupun informal. Saluran komunikasi formal terdiri dari aktivitas formal yang meliputi : perumusan strategi, perencanaan strategik, penganggaran, operasional dan evaluasi kerja.
Perumusan strategi adalah proses penentuan visi, misi, tujuan, sasaran, target arah dan kebijakan, serta strategi organisasi. Perencanaan strategik adalah proses penentuan program-program, aktivitas atau proyek. Tahap penganggaran dalam proses pengendalian manajemen merupakan tahap dominan.
Tahap penganggaran dalam proses pengendalian manajemen merupakan tahap dominan. Pengendalian manajemen melalui sistem pengendalian kinerja dilakukan dengan cara menciptakan mekanisme reward dan punishment.
